Нет, компания не вправе выплачивать стипендии из наличной выручки.
В пункте 2 Указания 3073-У стипендии прямо не поименованы.
В Указании 3210-У (п. 2) стипендии обособлены от выплат, включенных - в соответствии с методологией, принятой для заполнения форм федерального государственного статистического наблюдения - в фонд заработной платы, и выплат социального характера. Пункт 91 (подп. «с») приказа Росстата от 28.10.2013 № 428 это подтверждает.